SPI должен быть чем-то действительно жестко закодированным / для паяных компонентов, в отличие от usb или uart (plug/unplug), это может быть причиной, почему linux "требует" конфигурировать его во время компиляции.
Это концепция, это не совсем так: в этой статье они говорят, что spi драйверы могут быть загружены/выгружены по требованию, поэтому нет необходимости записывать что-либо во время компиляции (но немного сложнее в реализации)
Для удаления Linux Mint не нужно делать ничего особенного. Просто запустите обычную установку Ubuntu и в окне «Тип установки» выберите «Что-то еще». На следующем шаге удалите разделы Linux Mint и используйте освободившееся неразмеченное пространство для создания новых разделов для Ubuntu.