С
pgrep process_name | xargs kill
или
ps -e | awk '/[p]roces_name/ {system("kill "$1}
Отсутствие возможности предварительной сортировки файлов не является проблемой:
comm -13 <(sort fileA) <(sort fileB)
Это дает
1199.com
1299.com
www2.1329.com
с вашими примерами, предполагая, что каждый хост находится на отдельной строке. -13
указывает comm
удалить строки столбца 1 (, уникальные для первого файла )и 3 строки (, общие для обоих файлов ), оставив только строки, уникальные для второго файла.