Как синхронизировать файлы и символические ссылки между оригинальным DIR и символическим каталогом с использованием STOW GNU?

В GNU Stow не реализована двухсторонняя -или непрерывная синхронизация, и она никогда не предназначалась для этого. Его основная задача — управлять символическими ссылками в целевом каталоге, которые указывают на файлы и каталоги в деревьях пакетов Stow в каталоге Stow. (См. раздел «Терминология» руководства для получения точных определений этих терминов.)

Таким образом, ответы на два ваших запроса:

1. Нет, это невозможно по замыслу, потому что у Stow нет способа узнать, хотите ли вы, чтобы новый файл был помещен в пакет localили в какой-то другой пакет в вашем каталоге Stow(~/Dotfiles.d). Сказав это, если новый файл также добавляется к соответствующему пути в дереве пакетов local, то опция --adoptможет превратить его из обычного файла в ~/.local/bin/в символическую ссылку.
2. Если под «автоматически» вы подразумеваете без вмешательства пользователя, то нет, потому что, в отличие от таких служб, как демон Dropbox, Stow не работает постоянно. Однако, если вы запустите stow localво второй раз, тогда да, он создаст нужную символическую ссылку.