Как я могу отобразить сообщение из ~/.profile?

"Какой-то скрипт, который проверяет обновления" определенно выглядит очень подозрительно. Ему потребуются дополнительные положения, ему потребуются необходимые права для обновления, которых у него не будет по умолчанию, и вы столкнетесь со всеми видами проблем и будете изобретать колесо. Я строго запрещаю любые обновления вне системы упаковки на своих системах - за исключением тех, где я обновляю программное обеспечение из их собственного репозитория исходных текстов, и где я знаю, что я делаю, и оно делает. Это слишком рискованно, иначе можно повредить мою систему до неузнаваемости".

Определенно идите на систему упаковки, поставляемую с вашей целевой системой, таким образом, пакет .deb и, если хотите, даже предлагайте их в репозитории - это гарантирует, что пользователи смогут обновить его также с помощью системных инструментов простым sudo apt-get update; sudo apt-get upgrade