Try
for i in `ls | awk '{print $1}' | cut -d'.' -f1 | uniq -d`
do
rm -r $PWD/$i".pdf"
done
Warning: Имя вашего файла должно содержать только одну точку(.) (т.е.,) finename.extension и должно выполняться в том же каталоге, если вы выполняете тот же сниппет.