Обновление корневой файловой системы на удаленном месте

Возможно, безвредно. Многие пакеты lib в debian имеют (часть) версии .so в имени пакета. Это обычно указывает на то, что несколько упакованных версий одной и той же библиотеки могут быть безопасно установлены одновременно.

Когда есть исключения, это обычно обрабатывается строками Conflicts: в пакете .deb, чтобы предотвратить одновременную установку обеих версий.

Например, в моей системе Debian Sid в настоящее время установлены следующие версии:

$ dlocate -l libgcrypt | grep '^ii'
ii  libgcrypt11:amd64   1.5.4-3             amd64 LGPL Crypto library - runtime library
ii  libgcrypt11-dev     1.5.4-3+really1.6.4 all transitional libgcrypt11-dev package
ii  libgcrypt20:amd64   1.6.4-3             amd64 LGPL Crypto library - runtime library
ii  libgcrypt20-dev     1.6.4-3             amd64 LGPL Crypto library - development files