сценарий bash для поиска файлов считает, что имя файла должно быть целым числом

Я не совсем понимаю, что вы пытаетесь сделать с помощью xargs, и кажется, что у вас отсутствует аргумент в вашем cp. ~/Documents/foundfiles/${filelist[i]}где вы хотите скопировать в ?

Вот код, который у меня работает:

#!/usr/bin/env bash

mapfile -t filelist < ~/tmp/filelist.txt

for file in "${filelist[@]}"; do
    find ~ -name "$file" -exec cp --parents {} ~/tmp/dest/ \;
done