Можно ли выполнять поиск исполняемого файла Windows в $ PATH, при запуске под вином?

рефакторинг вашего кода (непроверенный из-за отсутствия исходных входных данных)

awk -F '^' -v OFS='\t' \
           -v sat=$(date -d saturday +%F) \
           -v sun=$(date -d sunday +%F) \
'
    $6 !~ "^"sat && $6 !~ "^"sun {next}
    { line = $1 OFS $3 OFS $6 }
    length(line) > lines[$1] {lines[$1] = line}
    END { for (key in lines) print lines[key] }
' STs.csv STt.csv | sort

В GNU awk вы можете опустить завершающую сортировку , используя

    END { 
        PROCINFO["sorted_in"] = "@ind_str_asc"
        for (key in lines) print lines[key] 
    }