Команда Puppet exec работает успешно, но не вносит необходимых изменений

Невозможно снять значение конфигурации из-за того, как сделано чтение конфигурации в ssh internals.

Вы должны думать об этом с другой стороны. Где вы устанавливаете это значение? Вы должны сделать это в ~/.ssh/config.

Если вы используете смарт-карту только для определенных хостов, вам следует поместить эту опцию в блок Match host.

Вы запускаете скрипты cron под своим пользователем? Вы можете использовать блок Match exec, чтобы проверить, запускаете ли вы интерактивную сессию или из cron. Или вы можете даже написать какой-нибудь скрипт, который будет проверять, есть ли корзина (снова используйте Match exec). Если вы запускаете его под другим пользователем, дайте ему файл конфигурации без этой опции (в его домашнем каталоге).

Или вы можете просто предоставить другой ssh_config скрипту cron ssh (используя ключ -F), где у вас не будет установлена эта опция. Таким образом, существует множество возможностей. Если вас интересует какой-то конкретный, я могу добавить больше деталей.