запуск сценария matlab внутри bash

Опция --from-file позволяет сравнивать один файл со многими файлами (а не что-то вроде tar --files-from, который считывает список файлов для работы из файла). У него есть аналогичный --to-file, какой из двух вы используете, будет зависеть от относительного "направления" изменения. Поскольку вы используете -q, который только говорит, есть ли разница, это, надеюсь, не должно иметь для вас значения.

Я предполагаю, что у вас есть эталонный файл, и вы хотите сравнить его с набором файлов с одинаковыми именами, так что любой из этих вариантов должен сработать:

diff -q --from-file dir1/protein.mol2 $(find . -name protein.mol2)
find . -name protein.mol2 | xargs diff -q --from-file dir1/protein.mol2

В первом случае diff будет запущен только один раз, и его код выхода будет отражать, были ли найдены различия в наборе или нет.

Во втором случае diff может выполняться более одного раза. Эта вторая форма может быть использована в случае, если у вас большое количество файлов (или очень длинные имена файлов/директорий), и вы превысили лимит аргументов команды (обычно 128 кБ в системах Linux).