Опустошите все файлы в подкаталогах в родительский каталог

В дополнение к ответу @Bandrami, потому что у меня была та же проблема, что и у @Zen: перед diff в каталогах убедитесь, что вы очистили все двоичные файлы и закодируйте несвязанные файлы из dir2 / , , затем сравните два каталога. Например:

$ cd dir2
$ make clean
$ cd ..
$ diff -Naur dir1/ dir2/