Страница по http://www.freebsd.org/doc/en_US.ISO8859-1/books/handbook/updating-upgrading.html говорит об обновлении FreeBSD.
Если я понимаю правильно, Вы используете живой диск. Не монтируя жестких дисков (который является поведением по умолчанию на большинстве живых дисков) все, что Вы делаете, находится на самом деле только в памяти (целая структура каталогов, которую Вы видите, загружается из диска, когда Вы загрузились), и будет следоваться перезагрузка. Вы не можете записать на самом диске по умолчанию.