Обычный способ обработать это состоит в том, чтобы просто сделать
#dpkg -i packagename
и затем разрешите зависимости после события путем выполнения
#apt-get -f install
Если зависимости не могут быть удовлетворены, не склонные, будет обычно удалять пакет для Вас. Конечно, если это не делает можно сделать так себя. Эта процедура не должна отмечать пакеты, как вручную установлено.
Взгляните на unattended-upgrades
. Когда это выполняется через крон, Вы получите электронные письма после того, как пакеты будут обновлены. unattended-upgrades
не перезапустит Вашу систему.