Файлы скрыты, если я не схожу с двух папок

Вы можете использовать emacsclient для проверить, есть ли соединение:

#!/bin/sh
if ! emacsclient -e 0 >&/dev/null
then emacs --daemon
fi
emacsclient -c "$@"

-e 0 означает оценку выражения «0», которое просто печатает 0. Код возврата не равен нулю, если emacsclient не может подключиться к серверу.