Есть ли разница между rm -rf / и rm -rf *. *?

В этом нет ничего особенного, rm -rf *.*— это команда с подстановочным знаком имени файла, она рекурсивно удалит все файлы в текущем каталоге, имена которых содержат точку.

rm -rf /выдаст ошибку при попытке запуска rmв корневом каталоге. Это предписано POSIX :

If [...] an operand resolves to the root directory, rm shall write a diagnostic message to standard error and do nothing more with such operands.

В зависимости от оболочки и ее настроек *.*также может соответствовать ..для родительского каталога, но так же, как и /, попытка удалить это также является ошибкой.

Ни один из них не повредит файловую систему, rmтолько (попытается )удалить файлы, используя обычные вызовы файловой системы. Воздействие на систему в целом или файлы пользователя, конечно, может быть существенным, если первая команда выполняется в каталоге, содержащем важные файлы.