Посмотрите в /etc/rc.local. powertop предлагает несколько команд для запуска, поэтому вставьте их туда.
добавьте нужную команду/скрипт для выполнения при загрузке ОС, изменив файл.xinitrc.
Подробнее об изменении функциональности запуска ОС читайте здесь.
https://wiki.archlinux.org/index.php/Xinit