Нет никакой разницы между файлами (включая каталоги), созданными системой или пользователем, потому что в конечном итоге это один и тот же системный вызов. Позже невозможно определить, кто был владельцем процесса, создавшего файл или каталог. Кстати, «система Linux» - это в основном пользователь root : специального пользователя нет. Кроме того, при установке всегда устанавливается владелец каталогов и файлов, поэтому впоследствии это не будет видно.
Если у вас есть менеджер пакетов, вы можете узнать, был ли каталог создан при установке пакета, например с помощью диспетчера пакетов Debian:
dpkg -S /var
перечисляет несколько пакетов, которые все могли бы создать каталог, если бы его не было. Однако
dpkg -S /opt
ничего не перечисляет, хотя я могу вам сказать, что он был создан установщиком системы , либо во время процесса установки, либо при запуске сценария после установки определенного пакета.