как использовать сценарий bash для перебора двух файлов

Нет, это невозможно, потому что Makefile ядра, который вы должны использовать для компиляции модуля, должен вызывать другой Makefile, определяющий obj-m.

Обычный Makefile для модуля вне дерева выглядит так:

ifneq ($(KERNELRELEASE),)
obj-m := mymodule.o
else
KDIR := /lib/modules/`uname -r`/build

all:
        $(MAKE) -C $(KDIR) M=$$PWD
endif

При первом вызове, если KERNELRELEASE не определен, он вызовет Makefile ядра с параметром M=$$PWD. Наконец, Makefile ядра будет использовать M, найдя и снова вызвав Makefile модуля, на этот раз с определенным KERNELRELEASE, и obj-m будет заполнен. Затем модуль будет скомпилирован.