Я попытался использовать ps aux, и теперь это выглядит так :
for pr in $(ps aux | grep $NAME | awk '{print$2}')
и это действительно работает!
amule — это программа с графическим интерфейсом. Если он запущен из cron, есть ли у него доступ к серверу X Windows? В вашем скрипте вы не устанавливаете DISPLAY.