разархивировать файлы со вчерашней датой в «другое» место, не работающее

Вы можете создать патч, выполнив diff для обеих папок, а затем применить его с помощью команды patch. Неплохо было бы иметь одинаковые имена файлов в обеих папках, чтобы было легче сравнивать.

Вы также можете использовать такой инструмент, как meld, чтобы сравнить папки и выбрать изменения, которые вы хотите исправить/изменить в другой папке.