Linux, fat32 и etc/fstab

Похож на простую ошибку: ${ENDOFLINE%$} полосы a $ в конце $ENDOFLINE, но то, что Вы хотите сделать, использовать $ENDOFLINE буквально и имейте a $ после него для указания на конец строки.

if [[ ("$LINE" =~ "^#;") && (( ("$LINE" =~ "${ENDOFLINE}$") )) ]];

Это работает в zsh, но не в ksh или ударе. Bash требует regexp $ закрыться кавычки (иначе, это интерпретируется буквально), и ksh не нравятся двойные круглые скобки внутри [[ … ]] (это интерпретирует их как арифметическую инструкцию). Эти более простые работы строки во всех трех оболочках (отмечают это [[…]] одно из нескольких мест, где Вам не нужно "…" вокруг переменных расширений):

if [[ $LINE =~ ^"#;" && $LINE =~ $ENDOFLINE$ ]];

Если $ENDOFLINE никогда перекрытия с #; (например, если ENDOFLINE ;foo, Вы будете принимать #;;foo но отклонение #;foo), можно уменьшить это до единственного теста:

if [[ $LINE =~ ^"#;".*$ENDOFLINE$ ]];

Можно также использовать подстановочный шаблон вместо regexp здесь:

if [[ $LINE = "#;"*"$ENDOFLINE" ]];

[[…]] конструкция не существует во всех оболочках, это характерно для удара, ksh и zsh. На других оболочках (Граница, тире, что-либо POSIX), можно сделать подстановочные соответствия с case конструкция:

case $LINE in
  "#;"*"$ENDOFLINE") echo score;;
  *) echo no score;;
esac