Как убедиться, что при обновлении ранее установленного rpm с префиксами используются те же префиксы?

Загрузочный сектор должен найти загрузочный раздел, после чего загрузчик отключит разделы, ему все равно, где они находятся на диске.
Я предполагаю, что вы используете gparted в прямом эфире, судя по снимку экрана. После изменения размера вам потребуется из оболочки:

1. Смонтировать перемещенный корневой раздел, содержащий загрузочный каталог
2. , если / boot является отдельным разделом, смонтировать его в корневом разделе mount
3. Смонтировать / dev в dev каталог в вашем корневом монтировании с помощью опции --bind
4. Chroot в корневом монтировании
5. Запустите grub-install или liloconfig, чтобы переустановить загрузочный сектор