ffmpeg \ -i input1.mp4 \ -i input2.mp4 \ -filter_complex '[0:v]pad=iw*2:ih[int];[int][1:v]overlay=W/2:0[vid]' \ -map [vid] \ -c:v libx264 \ -crf 23 \ -preset veryfast \ output.mp4
По сути, это удваивает размер input1.mp4, заполняя правую сторону черным цветом того же размера, что и оригинальное видео, а затем помещает input2.mp4 поверх этой черной области с помощью фильтра наложения.
Источник: https://superuser.com/questions/153160/join-videos-split-screen