Вы можете использовать механизм расширения параметров
shopt -s globstar
for file in **/*foo.bar; do
prefix="${file%.foo*}"
suffix="${file##*.foo}"
mv -v -- "$file" "$prefix$suffix"
done
$ {file% .foo *}
удаляет соответствующий суффикс (оставляя только префикс), и $ {file # *. Foo}
удаляет префикс (оставив суффикс). Двойной звездный шар ( **
) необходим для обхода всех подкаталогов, а setopt -s globstar
разрешает этот глобус.