Почему оболочка не ждет дочернего процесса команды после выхода из команды ?

Вероятно, то, что вы пытаетесь сделать, лучше решить, создав список зависимостей файла, который затем можно включить из вашего Makefile . Это общий шаблон в make-файлах C и C ++.

SOURCES=foo.tex bar.tex

all: $(SOURCES:.tex=.pdf)

%.dep: %.tex
    perl -lne 'print "$*.pdf: $$1\n" if /\\input{([\w-]+\.tex)}/' <$< >$@

include $(SOURCES:.tex=.dep)

Рекомендуемая литература: Автоматическая генерация предварительных условий в руководстве Make.