Простая команда rm -rf уничтожает мою операционную систему на тестовой машине

На самом деле это --enablerepo=repoglob и -disablerepo=repoglob, где repoglob может означать подстановочный символ вроде * или полное/частичное имя репо. Подстановочные знаки должны быть процитированы. Это включит или выключит только соответствующее хранилище ad-hoc для этой одной команды и не будет делать никаких изменений в файлах в /etc/yum.repos.d/.

Для первоначального вопроса, если вы запустите yum без этих опций, по умолчанию будут использоваться все репозитории, которые определены с помощью файлов .repo в /etc/yum.repos.d/ и у которых ключ включен=1 [и то же самое для подключаемых модулей, которые включены].

Если вы включили repo apache-tomcat, вы можете использовать repo с yum для этой одной команды, используя --enablerepo=apache-tomcat. После этого repo будет в определенном состоянии, которое настроено в /etc/yum.repos.d/apache-tomcat.repo (просто пример, не обязательно, чтобы имя файла совпадало с именем repo).

Было бы полезно, если бы вы могли еще раз уточнить ваш вопрос.