как найти правильный размер памяти

Причиной может быть запуск emacs от имени пользователя root ("sudo emacs ...") перед его запуском от имени вошедшего в систему пользователя. Я сделал это при настройке своей системы и столкнулся с той же проблемой. Emacs, конечно, создает каталог .emacs.d, если он не существует, и если emacs работает от имени пользователя root, каталог будет создан с пользователем root в качестве владельца.

То же самое относится и к файлу .emacs - вы также можете проверить, кому принадлежит этот файл.

Как уже отмечалось, изменение прав владения с root на пользователя решает проблему.