В чем преимущество /etc/apt/sources.list.d над /etc/apt/sources.list

Общий способ сделать это через cron:

    0,45 0,3,6,9,12,15,18,21  * * *
    30   1,4,7,10,13,16,19,22 * * *
    15   2,5,8,11,14,17,20,23 * * * .

Более элегантным способом сделать это было бы изменение вашего сценария на то, чтобы он учитывал время и проверял себя по записи cron, запущенной каждые 15 минут:

    */15 * * * * ... .