почему эхо? возвращает сингл | в стандартный вывод

В качестве альтернативы массиву, предложенному @steeldriver, вы можете определить функцию:

awk '
  BEGIN { FS == " +" }
  NR == 1 {print $0 }
  function CHANGE( F )
    {
      if ( F == "A" ) F = "T"
      else if ( F == "T" ) F = "A"
      else if ( F == "C" ) F = "G"
      else F = "C"
      return F
    }
  NR >= 2 {
    if ( $2 == $3 || $2 == $4 ) print $0
    else {
      $3=CHANGE($3)
      $4=CHANGE($4)
      printf "%5d%3s%3s%3s\n",$1,$2,$3,$4
    }
  }
' file