Я столкнулся с той же проблемой, кажется, что среда сохраняется при таком переключении пользователей. Это приводит к загрузке неправильной конфигурации git, которая не выполняется из-за проблем с разрешениями.
В моем случае я обошел проблему, используя следующую команду
sudo -u deploydeputy /bin/bash -c "export HOME=/home/deploydeputy && git clone git@github.com:inventid/cdn.git /tmp/cdn"