egrep для указанных строк и новой строки

Соблюдайте, что в тексте вы вставляли, «Fi» в «первом» и «FFI» в «Аффинность» - это лигатуры (несколько символов в сочетании в одном глиф). Предположительно, PDFTOTEXT печатает каждую из этих лигаций как Один символ, который используемый вами инструменты для чтения текста не поддерживают.

как Super User Results предлагает, попробуйте это:

pdftotext -enc ASCII7 input.pdf output.txt

Это должно предотвратить PDFTOTEXT из печатных лигаций Verbatim, заставляя его расширить их в символы ASCII.