В первую очередь... в Linux все - файл. Всем я имею в виду все... Ваши папки, или мышь или клавиатура... все - файл.
Теперь, давайте ответим на Ваши вопросы:
Нет никаких конфликтов между папкой и содержавшим файлом. Если у Вас есть папка woth только права чтения, но у Вас есть файл в той папке с полномочиями записи, можно записать в тот файл. Однако Вы не можете создать/удалить файлы в той папке. Так, не волнуйтесь о конфликтах. Также можно читать, содержание папки (перечислите папку).
Полномочия по умолчанию обычно 644 (значение: rw для пользователя, r для группы и другого)
"Исполняемый" бит для каталога означает "перечислять" каталог. Другими словами, если Вы-x папка, Вы не можете знать ее содержание, которое означает, что Вы не можете коснуться чего-то в него.
Настройте постфикс на хосте php для действия как реле к "хорошему" серверу.
в/etc/postfix/main.cf (на хосте php)
relayhost = goodmailserver.com
и сделайте "постфиксную перезагрузку"
Также удостоверьтесь, что goodmailserver.com настроен для принятия почты от хоста php
Я не уверен, как подробный ответ, который Вы ожидаете, но просто устанавливаете связь SMTP с машиной, выполняющей почтовый сервер в порте 25 или безотносительно порта, на котором это слушает, и посылают электронное письмо ему, чтобы быть переданным. Я не использую PHP, но я ожидаю, что существует некоторая библиотека, которая сделает это для Вас. Однако использование почтового сервера Вашей машины лучше.
Я думаю, что это - в основном то же, поскольку этот вопрос - Посылает электронное письмо с помощью Gmail сервер SMTP от страницы PHP.
Отредактируйте свой файл php.ini для установки настроек сервера SMTP. Настройки по умолчанию переходят к localhost.
http://www.php.net/manual/en/mail.configuration.php
Править
Допустите ошибку..., по-видимому, что установка является Windows только согласно тому документу. Я честно не могу перенести голову вокруг дизайна PHP.