Не позволенный считать файл с корректными полномочиями группы? ACL?
В дополнение к LD_LIBRARY_PATH, вероятно, необходимо установить некоторый Python определенные переменные среды, как, PYTHONHOME & PYTHONPATH. См. страницу справочника Python для деталей.
После установки новых библиотек Вы, возможно, также должны работать ldconfig как базируются для обновления файла кэша библиотеки.
Другая опция попробовать состоит в том, чтобы установить переменную среды RUN_LD_PATH или, возможно, даже используйте -rpath или -rpath-link опции компилятора/компоновщика.
Вы могли бы также попытаться prelink все Ваши исполняемые файлы и библиотеки под /usr/local, хотя это может быть утомительно, так как каталоги, вероятно, не перечислены в /etc/prelink.conf. Возможно, только запустите со своего исполняемого файла Python.
getfacl[118282] показывает, что у группы нет разрешения.
- Вывод [118283]ls[118284] [118285]-rw-r-x---+[118286] приводит в замешательство. Это не означает, что у группы есть эти разрешения, но что они есть у "кого-то определенного и отличного от владельца"[117957].