agrep с направлено смещенными штрафами

Нет. Такая настройка выходит за рамки инструмента Linux и входит в объем написания собственного кода. Использование популярного языка высокого уровня (Java, JavaScript, Python, Perl) будет использовать немного больше памяти, чем C, и будет немного медленнее для языков со сценариями, но, вероятно, это будет незначительно для вашего варианта использования. Поэтому еще раз спросите у stackoverflow точные данные, которые вам нужны, и кто-то может предложить вам один лайнер.