Когда вы пишете сценарий, он обычно не использует ваши псевдонимы.
Вы можете явно указать команду в своем скрипте:
#!/bin/sh
oTools="/home/user/folder/oTools-cli"
for file in./folder/*
do
${oTools} upload "${file}"
done
Вам не нужно ждать явных pid; если все, что делает ваш скрипт, — это запускает ряд фоновых процессов, вы можете просто дождаться их завершения. Попробуйте что-то вроде этого:
#!/bin/bash
for file in "all files of a given type"; do
docker exec -itd "docker container" "command to be executed within docker container" &
done
wait
Эта модифицированная версия вашего скрипта запускает некоторое количество фоновых процессов, а затем ожидает их завершения.