используйте альтернативный оператор ://
так:
$jq -r '.|[.login,.lastLoginTime // "-",.lastLoginFrom // "-" ]|@tsv' test_json
050111 1529730115000 192.168.66.230
050112 - -
v1=`awk 'NR==4{print $0}' p3| awk -F "-" '{gsub(";","",$3);print $3}'`
awk -v v1="$v1" 'BEGIN{print "Well Cycle Target Name Rn ΔRn Sample Plate Name"}NR>1{$NF=v1;print }' p4
выход
Well Cycle Target Name Rn ΔRn Sample Plate Name
A1 1 N gene 512629.375 1004.0445 plate7587
A1 2 N gene 515089.2188 2157.2146 plate7587
A1 3 N gene 514001.7812 -236.8966 plate7587