FWIW предоставил решение на основе "sed" для обернутых файлов fasta. Базовый поток метода sed заключается в нахождении строки имени последовательности, сначала мы отображаем эту строку в отдельной строке, а затем начинаем накапливать в пространстве шаблона строки последовательности, а также удаляем новую строку по мере продвижения. Этот поток прерывается, когда мы нажимаем на следующую строку имени последовательности или eof.
sed -e '
/^>/{ # caught sequence name line
n # print seq name, next line into pattern space
:loop
N # read next line into PS, if not print PS/quit
/\n>/!s/\n// # join successive sequences
/\n/!bloop # go back for more seq if new seq name not got yet
P;D # print the current seq then delete it, branch to the top with PS having new seq name
}
' your_fasta_file
У вас есть два хороших варианта, в первую очередь и extundelete.
extundelete - Это ваш первый выбор, он может восстановить файлы с NAME!
foremost - это некрасиво, и восстановление файлов по номеру сектора и типу, но есть больше шансов на восстановление. Он будет пытаться работать, даже если раздел поврежден или с плохими блоками, или, конечно, на всем диске, если раздела больше нет, он отформатирован или много других возможностей.
Оба должны монтировать раздел только для чтения, и вам понадобится флешка или другой диск для сохранения восстановленных файлов.
Живой -КОМПАКТ-диск также может помочь для загрузки системы с немонтированным разделом.
Если вы не можете перезагрузить свою систему, попробуйте использовать dd для создания образа вашего диска или раздела в другом месте (больше), никогда не делайте этого на том же диске, иначе вы потеряете все шансы на восстановление.
dd if=/dev/sda1 of=/mnt/otherbiggerpartition/test.img
cd /mnt/otherbiggerpartition/
foremost test.img
или
extundelete test.img
(при этом вам не нужно будет монтировать раздел, но шансы на восстановление данных уменьшаются, и вам нужен больший раздел или диск, чтобы можно было сохранить необработанный образ раздела.)