Разницу можно увидеть так: когда вы используете права root, вы можете делать "все что угодно", включая установку вредоносных программ, удаление важных или критических файлов и т.д.
Вход в систему в качестве обычного пользователя хорош тем, что ваши права (а значит, и ущерб) ограничены. Вы можете потерять все свои документы, но не испортить (слишком сильно) свою систему.
Думайте о sudo как о владении короной (ака, привилегиями root) в течение ограниченного времени. Вы король, пока у вас есть корона (т.е. вы root, пока действует sudo), но до и после этого вы обычный пользователь, с ограниченными правами и ограниченными возможностями повредить что-то, кроме ваших собственных файлов.
С точки зрения безопасности это предпочтительнее, чем открытый root-терминал, где вам придется быть очень внимательным к каждой команде, которую вы вводите, в любое время.
Sudo позволяет выполнять команды, когда это необходимо, и быстрее вернуться к работе с обычным пользователем.
Однако корневой терминал может быть полезен, если вы собираетесь выполнять множество команд от имени root. Но для обычных пользователей это почти никогда не случается.
(вход в систему как root еще хуже: тогда каждая вещь, которую вы запускаете (браузер и т.д.), запускается как root, и злоумышленник (или ошибка) в любой из этих программ может установить руткит, или удалить больше, чем следует)
Ответ не однозначный, лучший источник информации, который я нашел, находится здесь
https://wiki.archlinux.org/index.php/MTP
где говорится, что ряд новых телефонов не очень хорошо поддерживается. Вы также можете попробовать извлечь внешнюю sd-карту.