Где я ошибся, так это в добавлении export TERM=xterm в мой профиль bash _. Плохая ошибка. Таким образом, я переопределил переменную TERM терминала по умолчанию. Не делай этого.
Это полностью испортило управление мышью в urxvt для cmus и mc, никогда больше не экспортируйте TERM=... глобально, теперь я удалил его. Все снова отлично работает.
Что касается другой проблемы, которую я пытался решить, изменив ТЕРМИН, теперь применяется только там, где это необходимо, локально :alias vim='TERM=xterm vim' это решило мою первоначальную проблему с цветами в vim в tmux...
Сценарий ./configure
ищет SDL версии 1, а не SDL версии 2. Вам потребуется установить пакет разработки SDL 1.