Прежде всего, audacious
имеет свою собственную опцию для размещения поверх других окон, которая, IIRC, доступна только при запуске в режиме классического интерфейса Winamp. Эта опция не зависит от возможности управления оконным менеджером.
Если вы говорите об опции xfwm4
(оконный менеджер) для удержания любого окна поверх других, вы могли не заметить, что изменились ярлыки меню окон (в английских локалях это должно быть что-то вроде "Always on Top" и "Same as Other Windows"):
Вы также можете иметь привязку клавиш для этого действия (опять же, я не уверен, что это по умолчанию, но это может быть что-то вроде Alt+Fx (с x, вероятно, между 6 и 12).