Установка права выполнения на целый каталог - является этим хорошая или плохая идея?

Нет никакой прямой угрозы безопасности с созданием исполняемого файла файла, если это не setuid или setgid. Конечно, существует косвенный риск, что что-то, Вы ожидаете быть инертными — некоторый файл данных, который Вы обычно открывали бы в приложении — может также быть выполнено непосредственно в Вашей системе с низкими последствиями. Например, если у Вас есть файл под названием README, который на самом деле содержит программу руткита, открытие его в текстовом редакторе безопасно, но Вы лучше не выполнили бы его.

Разумная эвристика для распознавания файлов, которые предназначены, чтобы быть исполняемым файлом, должна посмотреть на их первые несколько байтов и распознать исполняемые подписи. Это - вопрос удобства, а не безопасности, но если Вы готовы сделать весь исполняемый файл файлов так или иначе, это означает, что у Вас нет проблемы безопасности, но беспокойства удобства использования так или иначе. Вот возможная эвристика:

for x in *; do
  case $(file - <"$x") in
    *executable*) chmod +x -- "$x";;
  esac
done

Вот другая эвристика, которая должна отличаться только по угловым случаям ($'\177' ksh/bash/zsh синтаксис, замените его буквенным символом 0177 = 127 = 0x7f в других оболочках).

for x in *; do
  case $(head -c 4 <"$x") in
    '#!'*|$'\177'ELF) chmod +x -- "$x";;
  esac
done

В обоих случаях просто потому что файл распознан, поскольку исполняемый файл не означает, что можно выполнить его в системе; например, двоичный файл для неправильной архитектуры процессора будет счастливо сделан исполняемым файлом. Вот другой подход, который делает весь исполняемый файл сценариев, но динамично связанные двоичные файлы, только если они для правильной архитектуры и у Вас есть необходимые библиотеки, и промахи статически связали двоичные файлы в целом.

for x in *; do
  case $(head -c 2 <"$x") in
    '#!') chmod +x -- "$x";;
    *) if ldd -- "$x" >/dev/null 2>/dev/null; then chmod +x "$x"; fi;;
  esac
done