Я решал аналогичную проблему, но раньше у меня возникали проблемы при попытке использовать сценарии, приведенные в одном из ответов (как WSL, так и Mac )...
Я продолжил поиски и нашел очень простое решение. :Это функция getfasta
из набора bedtools
!
https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/getfasta.html
Вы пробовали запустить gzip --help
? Это должно ответить на ваш вопрос об использовании.
Выход изgzip --help
:
Usage: gzip [OPTION]... [FILE]...
Compress or uncompress FILEs (by default, compress FILES in-place).
Mandatory arguments to long options are mandatory for short options too.
-c, --stdout write on standard output, keep original files unchanged
-d, --decompress decompress
-f, --force force overwrite of output file and compress links
-h, --help give this help
-k, --keep keep (don't delete) input files
-l, --list list compressed file contents
-L, --license display software license
-n, --no-name do not save or restore the original name and time stamp
-N, --name save or restore the original name and time stamp
-q, --quiet suppress all warnings
-r, --recursive operate recursively on directories
-S, --suffix=SUF use suffix SUF on compressed files
-t, --test test compressed file integrity
-v, --verbose verbose mode
-V, --version display version number
-1, --fast compress faster
-9, --best compress better
--rsyncable Make rsync-friendly archive
With no FILE, or when FILE is -, read standard input.
Report bugs to <bug-gzip@gnu.org>.
<
и >
являются оболочками. < file.txt
означает рассматривать file.txt
как вход, а > file.txt
означает рассматривать file.txt
как выход. Команда может быть примерно такой:
% gzip < input.gz > output.txt
Это позволит взять сжатый gzip (сжатый )входной файл input.gz
и записать несжатую версию как output.txt
. Это может быть не текстовый файл.
Надеюсь, это поможет.