найти подкаталоги и реорганизовать их с помощью нового родительского каталога

#!/usr/bin/env bash
PATH="/folder1/folder2/folder3"
HIERARQUIA=$(/usr/bin/find $PATH/????/????/  -maxdepth 0 -type d | /usr/bin/cut -d "/" -f5-|/usr/bin/sort -s )
OUTPUT=1

for i in $HIERARQUIA
    do
        SUBPASTAS=$(/usr/bin/find $PATH/$i -maxdepth 1 -type d | /usr/bin/cut -d "/" -f7 |/usr/bin/sort -s)
        for a in $SUBPASTAS
            do
                /usr/bin/mkdir -p $PATH/output$OUTPUT/$i$a
                /usr/bin/mv $PATH/$i$a/* $PATH/output$OUTPUT/$i$a
                OUTPUT=$(($OUTPUT +1))              
            done
            OUTPUT=1
    done

Я нашел этот результат, и он достиг цели. для всех, у кого когда-нибудь возникнет подобная проблема, вот код.

Спасибо всем, кто откликнулся и пытался мне помочь

Предполагая, что вы сейчас находитесь в каталоге, где находится Folder1:

#!/bin/bash

# Don't even attempt to do something
# if we're in the wrong place.
cd Folder1/Folder2 || exit 1

# Make the shell remove patterns that aren't matched,
# rather than leaving them as they are.
shopt -s nullglob

for dirpath in output/*/*/*/; do
        if [[ $dirpath =~ output/(.*)/[^/]*(..)/ ]]; then
                # "${BASH_REMATCH[1]}" is something like "0653/3457"
                # "${BASH_REMATCH[2]}" is the 2-character suffix, like "01"

                newdir=output${BASH_REMATCH[2]}/${BASH_REMATCH[1]}
                mkdir -p "$newdir" &&
                mv "$dirpath" "$newdir"
        fi
done

При этом используется функция сопоставления регулярных выражений bashдля выбора числового суффикса в конце пути к каталогу и создания нового outputимени каталога с его использованием.

Это займет структуру каталогов

.
`-- Folder1/
    `-- Folder2/
        `-- output/
            `-- 0653/
                `-- 3547/
                    |-- 0112945601/
                    `-- 0112945602/

и превратите его в

.
`-- Folder1/
    `-- Folder2/
        |-- output/
        |   `-- 0653/
        |       `-- 3547/
        |-- output01/
        |   `-- 0653/
        |       `-- 3547/
        |           `-- 0112945601/
        `-- output02/
            `-- 0653/
                `-- 3547/
                    `-- 0112945602/

Пустые каталоги в Folder1/Folder2/outputзатем можно было удалить с помощью

find Folder1/Folder2/output -type d -empty -delete

или, используя стандартный findи игнорируя ошибки из rmdirпри попытке удалить не -пустой каталог,

find Folder1/Folder2/output -depth -type d -exec rmdir {} \; 2>/dev/null

что оставляет

.
`-- Folder1/
    `-- Folder2/
        |-- output01/
        |   `-- 0653/
        |       `-- 3547/
        |           `-- 0112945601/
        `-- output02/
            `-- 0653/
                `-- 3547/
                    `-- 0112945602/

Вы, очевидно, сначала запустите это на копии ваших данных.

for dir in Folder1/Folder2/output/*/*/*; do
    suffix=${dir:(-2)}
    subdir="$(cut -d '/' -f 4- <<<$dir)"
    newdir="Folder1/Folder2/output${suffix}/${subdir}"
    echo mkdir -p "$newdir"
    echo mv "$dir"/* "$newdir"/
done

Если после того, как вы -выполнили это всухую, похоже, что он генерирует команды, которые будут работать для вас, удалите операторы echo, чтобы фактически переместить файлы.