Почему systemd отображает определенные служебные модули, у которых нет связанного с ними юнит-файла?

Это подробно объяснено в документации по сервису systemd , но вам нужно прочитать ее полностью, чтобы понять, что происходит. Наиболее подходящей частью в данном случае является пример 3; из этого читатель может понять, что одноразовая служба, как вы объявили, никогда не становится активной, поэтому ее действие остановки будет выполнено после завершения действия запуска.

Чтобы достичь того, что вам нужно, вам нужен одноразовый сервис, который тем не менее становится активным:

[Unit]
Description=delete file

[Service]
Type=oneshot
RemainAfterExit=yes
ExecStop=/bin/bash /home/mytest.sh

[Install]
WantedBy=multi-user.target