Не удается обновить Kali Linux light

awk 'NR==FNR {dat[NR]=$0;next} { for ( i in dat ) { split(dat[i],arr," ");tag=arr[1];min=arr[2];max=arr[3];if ($2==tag && $3 <= max && $3 >= min) { res[i]+=$1 } } } END { for (i in dat) { print dat[i]" "(res[i]!=0?res[i]:"0") } }' input ref


awk 'NR==FNR {
 dat[NR]=$0;next
} 
{ for ( i in dat ) { 
   split(dat[i],arr," ")
   tag=arr[1];
   min=arr[2];
   max=arr[3];
   if ($2==tag && $3 <= max && $3 >= min) { 
     res[i]+=$1 
     } 
   } 
} 
END { 
  for (i in dat) { 
     print dat[i]" "(res[i]!=0?res[i]:"0") 
  } 
}' input ref

Возьмите каждую строку input.txt и поместите ее в массив. Затем возьмите каждую строку ref.txt и используйте функцию awk для разделения дополнительных данных в массиве arr. Из этого массива получаем переменные tag, min и max. Затем каждая строка массива dat проверяется на соответствие критериям, и массив соответственно увеличивается. В конце dat зацикливается на печати данных вместе со счетчиком из res.

результат:

10      5900317 5900359 RNA1     - 4
10      282035  282125  RNA1     - 5
10      4134522 4134564 RNA1     - 0
10      5299783 5299910 RNA2     - 0