Можно ли запустить linux из папки через вход в загрузчик (GRUB2 и т.д.), а не из целого раздела

Вы можете указать другое ядро, но вся операционная система зависит от компонентов, устанавливаемых по определенным абсолютным путям. Вам придется перестроить всю систему, чтобы изменить все эти пути --— работа на всю жизнь.

Возможно, вы сможете достичь своей цели, используя chroot, но вы не сможете напрямую загрузиться в эту систему. Вам нужна, наконец, какая-то минимальная загрузочная система, а затем запустите все остальное в вашем распакованом дистрибутиве с помощью chroot. Или виртуальная машина решит ваши потребности?