Как видно из журнала, вы установили модуль GLX для карт NVIDIA ,
(II) LoadModule: "glx"
(II) Loading /usr/lib/xorg/modules/linux/libglx.so
(II) Module glx: vendor="NVIDIA Corporation"
compiled for 4.0.2, module version = 1.0.0
Module class: X.Org Server Extension
(II) NVIDIA GLX Module 375.26 Thu Dec 8 17:59:51 PST 2016
который работает только с картами NVIDIA и ничего еще. OTOH, инициализируются как драйвер настройки режима для карты Intel, так и драйвер Radeon. Один монитор подключен к выходу HDMI карты Intel, драйвер Radeon имеет только выход VGA, но не получает для него информацию EDID, поэтому я не уверен, что к нему подключено что-нибудь.
Установите правильные пакеты GLX (AFAIK, libgl1-mesa - *
для всех карт Intel, по крайней мере, это то, что я использую для своей карты Intel, а также для карты Radeon) и проверьте в журнал что они работают.
Если ваш второй монитор действительно подключен к карте Intel, а не к Radeon, вы можете рассмотреть возможность отключения карты Radeon.