Посмотрите руководство для cp (также mv):

   cp [OPTION]... [-T] SOURCE DEST
   cp [OPTION]... SOURCE... DIRECTORY
   cp [OPTION]... -t DIRECTORY SOURCE...

Если вы сделаете cp ab , то если b не существует, вы получите cp -T ab , но если b существует и является каталогом, вы получите cp -tba , иначе ошибка.

Пример

mkdir empty
cd empty
mkdir a
touch a/a-file
cp -r a b #this creates b a copy of a
cp -r a b #this time it makes a copy of a called a in b (b/a)

Пример 2

mkdir empty
cd empty
mkdir a
touch a/a-file
cp -r -T a b #this creates b, a copy of a
cp -r -T a b #updates b (no effect in this case)

Пример 3

mkdir empty
cd empty
mkdir a
touch a/a-file
mkdir b
cp -r -t b a #copy a into b
cp -r -t b a #updates a/b (no effect in this case)