вершина-bn1 не дающий корректное использование ЦП

ну я держу пари, что это не самый элегантный код, и он может быть также сокращен, но это для вашей домашней работы: -)

w |awk '{
if (NR!=1){ 
if($5 ~ /days/){ 
    split($5,d,"days");
    print $1,d[1]*5184000" sec"
}
else if( $5 ~ /:|s/){
    if ($5 ~/s/) { sub(/s/,"",$5); split($5,s,"."); print $1,s[1]" sec" }
    else if ( $5 ~/m/) { split($5,m,":"); print $1,(m[1]*60+m[2])*60" sec" }
    else { split($5,m,":"); print $1,m[1]*60+m[2]" sec" }
}
else { print $1,$5}
}}'

Я знаю, что это не совсем то, что вы после, но лично - я не уживаюсь с неловко и поэтому предложил бы идти в порядке.

Что-то вроде этого:

#!/usr/bin/perl

#REALLY GOOD IDEA at the start of any perl code
use strict;
use warnings;

#open some files for input
open( my $exons, "<", 'exons.bed' ) or die $!;

#record where our exons start and finish. 
my %start_of;
my %end_of;

#read line by line our exons file. 
#extract the 3 fields and save 'start' and 'end' in a hash table. 
while (<$exons>) {
    my ( $something, $start, $end ) = split;

    my $exon_id = $.;    #line number;
    $start_of{$exon_id} = $start;
    $end_of{$exon_id}   = $end;
}
close ( $exons );

my %exons;
#run through 'reads' line by line, extracting the files. 

open( my $reads, "<", 'reads.bed' ) or die $!;
while (<$reads>) {
    my ( $thing, $read_start, $read_end, $value ) = split;

    #cycle through each exon. 
    foreach my $exon_id ( keys %start_of ) {

        #check if _this_ 'read' is within the start and end ranges. 
        if (    $read_start >= $start_of{$exon_id}
            and $read_end <= $end_of{$exon_id} )
        {
            #store the line number in our hash %exons. 
            push( @{ $exons{$exon_id} }, $. );
        }
    }
}
close ( $reads ); 

#cycle through %exons - in 'id' order. 
foreach my $exon_id ( sort keys %exons ) {
    #print any matches. 
    print "exon ",$exon_id, " (", $start_of{$exon_id}, " - ", $end_of{$exon_id},
        ") contains reads of line:", join( ",", @{ $exons{$exon_id} } ), "\n";
}

Что дает ваш образец данных:

exon 1 (60005 - 60100) contains reads of line:1
exon 2 (61007 - 61130) contains reads of line:2,3,4,5

Вы должны иметь возможность расширить это, чтобы сделать некоторые более сложные проверки диапазона/валидации тривиально!

Существуют инструменты, которые сначала отображают вычисленное среднее значение. Другие инструменты имеют неполный первый образец. В целом рекомендуется пропустить первый образец, чтобы получить желаемый результат.