Я узнал решение. На самом деле Debian не имеет никакой стабильной версии оболочки гнома 3.6. Это находится только в экспериментальной версии. Останьтесь настроенными!
Редактор считывает файл в память, затем закрывает файловую оболочку. Обычно:
open("/path/to/your/file", O_RDONLY|O_LARGEFILE|O_NOATIME) = 18
read(18, "blah blah blah"..., 4096) = 305
close(18) = 0
или какая-нибудь mmap или другой способ. (Не знаю, как именно он читает файлы, но дело в том, что он не держит файлы открытыми)
После этого он продолжает опрос, чтобы проверить, не изменился ли он. И снова открывается при записи.